¿Crees que Ned sabía que su hermana no fue violada y que en realidad estaba casada?

Sí, claro que sí.

Ella le dijo lo mismo antes de morir y nombró a Jon como Agon Tygaryen, el rey prometido.

Lo mantuvo en secreto para salvar la vida de Jon Snow o, de lo contrario, Baratheon y Lanister Army habrían matado al último hijo vivo de la Casa Tygaryen.

Sí. Él absolutamente lo hizo. La Guardia Real no estaría en la Torre de la Alegría si no estuviera casada y su hijo no fuera el heredero legítimo.