Eso es bastante retorcido.
Creo que, al igual que las 5 Excepciones a la Ley de Transfiguración Elemental de Gamp, debe haber alguna excepción a esta transfiguración inducida por poción.
La poción de polyjuice es solo un disfraz, un mero glamour, nada más.
La paternidad o la capacidad de reproducirse, por otro lado, es un tipo de magia más profunda, una que no se puede lograr simplemente mediante hechizos o pociones, una que probablemente no se puede duplicar a través de la magia de los simples mortales. (Probablemente lo estudian en el Departamento de Misterios).
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El punto es que aunque la poción de polyjuice (magia) le daría al hombre un cuerpo de mujer, no le daría el poder de la maternidad (lea: no puede quedar embarazada).
Y así, la respuesta a tu duda.