Tolkien no lo dijo en el libro, pero creo que dejó claro en una de sus cartas que todas habían muerto. Se habían mudado a lo que ahora son las Tierras Marrones en la costa este de Anduin y fueron asesinados cuando Sauron lo había invadido mucho antes.
El Señor de los Anillos es en parte sobre el fin del mundo de la magia y las criaturas mágicas, y el comienzo del dominio de los Hombres. Gandalf le dice tanto a Treebeard. Creo que la pérdida de las Entwives fue parte de ese cambio. Nunca puede haber más Ents.