¿Pueden un niño de 16 años y una niña de 13/14 años tener relaciones sexuales con protección (condones)?

En teoría, sí. En la práctica, probablemente no sea una buena idea, ya que a su edad, incluso una brecha de edad bastante pequeña podría crear un desequilibrio de poder en una relación, lo cual no es bueno. Depende de la madurez que ambos tengan, pero definitivamente debe pensar antes de comenzar a tener relaciones sexuales.